肠道病毒属于小RNA病毒科肠道病毒属，共有100多个血清型别，根据其基因特性分为A、B、C、D四个组。
我国病原学监测结果显示，引起我国手足口病的肠道病毒有30多种血清型，主要以A组和B组肠道病毒中的肠道病毒71型（EV-A71）、柯萨奇病毒A组16型（CV-A16）、柯萨奇病毒A组6型（CV-A6）和柯萨奇病毒A组10型（CV-A10）最为常见，EV-A71是引发手足口病重症和死亡的主要病原。
手足口病潜伏期为2～10天，平均3～5天。通常病情较轻，呈自限性，预后良好，7～10天病程后可完全康复。
多数患儿以发热，口腔黏膜出现散在疱疹，手、足和臀部出现斑丘疹、疱疹为主要临床表现，可伴有咳嗽、流涕、食欲不振等症状。部分病例仅表现为皮疹或疱疹性咽峡炎，个别病例可无皮疹或表现为大疱样改变。
只有少数患者的病情会快速恶化，累及脑部、肺部和心脏出现严重的并发症，如脑炎、脑干脑炎、急性弛缓性麻痹、肺水肿、肺出血、心肺功能衰竭等。
病例和隐性感染者为病毒的主要传染源，在发病后一周内传染性较强。
肠道病毒传播途径多样且容易实现，主要通过直接接触患者的粪便、疱疹液、鼻咽分泌物、唾液，以及接触被污染的手、毛巾、手绢、牙杯、玩具、餐具、奶瓶、床上用品等物品或环境而感染；还可经呼吸道（咳嗽、打喷嚏等）等传播；饮用或食入被病毒污染的水和食物亦可感染。
健康监护
患儿居家隔离治疗期间，家长及看护人应密切观察患儿病情。年龄3岁以下、病程3天以内和EV-A71感染为重症高危因素。如出现持续高烧（体温38.5℃以上超过3天）、神经系统异常（出现精神萎靡不振、嗜睡、易惊、烦躁或肢体颤抖抽搐等），可能短期内进展为重症，应立即前往医院就诊。
居家消毒
每天清洁患儿常接触的家具、玩具、地面等，每周用含氯消毒剂消毒1～2次。患儿的分泌物、呕吐物或排泄物以及被其污染的物品或环境，清洁后要及时用含氯消毒液进行擦拭或浸泡消毒，待消毒液作用30分钟后，用清水擦拭或冲洗干净。
严格隔离
居家隔离时限为患儿全部症状消失后1周，此期间患儿尽量避免外出，更不要去幼儿园和人群聚集的公共场所，避免与其他孩子接触玩耍。与其共同居住的其他儿童也应采取相应隔离措施。
2015年底，我国自主研发的肠道病毒71型灭活疫苗（简称EV71疫苗）上市，EV71疫苗对接种者具有较好的保护效果，对EV71相关手足口病的保护效力在90%以上。为尽早获得免疫保护，建议满6月龄儿童在12月龄前完成接种程序；对于5岁以上儿童，不推荐接种EV71疫苗。
由于引起手足口病的肠道病毒有很多种，不同肠道病毒间无交叉保护，接种EV71疫苗只能预防EV-A71感染引起的手足口病及相关疾病，不能预防CV-A16、CV-A6和CV-A10等其他肠道病毒感染。因此，接种疫苗后仍有可能再次感染EV-A71之外的其他肠道病毒，但发生重症风险降低。
养成良好的手卫生习惯
儿童在接触公共物品、唾液及呼吸道分泌物后，如厕后和进食前，以及家长及看护人在加工食品前、更换尿布或处理被粪便污染的物品后，都应及时用清水和洗手液或肥皂正确洗手。
避免接触患病儿童
避免与患病儿童共用餐具、毛巾或其他个人物品，防止交叉感染。
保持家庭环境卫生
居室要经常通风，勤晒衣被。对日常接触频繁的物品表面（台面、门把手等）、孩子的玩具进行定期清洁和消毒。
注重饮食卫生
婴幼儿使用的奶瓶、奶嘴及儿童使用的餐具，在使用前后应充分清洗、消毒；避免让孩子饮用生水、食用生冷食物。
减少聚集
手足口病流行期间不宜带孩子到人群聚集、空气流通差的公共场所。
接种疫苗
接种EV71疫苗可有效预防EV-A71感染引起的手足口病和其他相关疾病，也会显著减少手足口病重症和死亡的发生，鼓励儿童在12月龄前完成全程接种。
及时发现和规范管理病例
严格落实晨检、午检和缺课追踪，一旦发现有发热、皮疹等症状的患儿，要及时就医并隔离管理。对患儿所用的物品及环境进行消毒处理。
重视环境和物品的清洁和消毒
对教室、公共区域定期进行清洁通风，对门把手、楼梯扶手、桌面、便器按钮、电梯按钮、上下床扶手等接触频繁部位定期消毒；保持厕所卫生，每日进行消毒；定期对儿童玩具、水杯、毛巾、餐具等个人生活用品进行清洗消毒。
开展疾病预防宣传教育
采用儿歌、动画、做游戏等儿童易接受的方式，教育儿童养成饭前、便后、外出玩耍后及时正确洗手，不和他人混用毛巾、水杯等良好卫生习惯。
发现疫情及时报告
托幼机构发现短期内病例增多时，应及时报告疾控机构，并配合落实相关防控措施。
疱疹性咽峡炎常被看作是手足口病的“同胞兄弟”，因为二者症状有些相像，而且都属于自限性疾病。
疱疹性咽峡炎是以急性发热和咽部疱疹为特征的疾病，大多由柯萨奇A组病毒、疱疹病毒、EV病毒引起，传染性比较强，传染途径与手足口病相同。
疱疹性咽峡炎的潜伏期一般是2～4天，临床表现为高热、咽痛、流口水、食欲不振、呕吐甚至抽搐等。检查时可以看到患儿咽部充血，在咽腭弓、软腭、悬雍垂的黏膜上可见多个2～4毫米大小灰白色的疱疹，周围有红晕。这些疱疹会在出现1～2天后形成小溃疡，疱疹也可发生于口腔的其他部位，整个病程在1周左右。
绝大部分的疱疹性咽峡炎愈后较好，如果出现同手足口病一样的表现，提示可能有并发症。病情较重的话，则需要马上就医并且住院观察。
在护理患儿时，首先要保证其充分休息和睡眠。休息对提高患儿的机体免疫以及恢复体力非常重要。其次如果患儿持续高热或有明显的不适症状，可口服退热药。最后要合理安排患儿饮食，包括摄入足够量的水分，多食用清淡、柔软、有营养的食物等。如果患儿因为口腔疼痛拒绝进食，可以尝试食用冰淇淋，在起到一定止痛作用的同时，还可以补充热量。如果患儿由于口腔过于疼痛，拒绝进食任何食物和水，并出现尿少、唇干、烦躁不安等脱水表现，就需要及时送医治疗。
